La historia mostrará a Joe Shimamura y el resto de cyborgs en su enfrentamiento contra Besudo, un grupo de personajes con poderes sobrenaturales y un gran intelecto que han manipulado la historia de la humanidad desde tiempos antiguos. Su objetivo es incierto, pero su alargada sombra afecta a muchos ámbitos del planeta.
 
Aunque pocas personas creen en la existencia de Bresudo, una periodista llamada Lucy Davenport se dirige a Texas para ponerse en contacto con cierta familia y se encuentra con los cybords. Estos fueron liberados de su labor de proteger a la humanidad cuando se establecieron los Guardianes de las Naciones Unidas y ahora viven en paz. Sin embargo, la visita de Lucy y la amenaza de Bresudo hace que Joe y el resto partan de nuevo a la batalla.
 
Kenji Kamiyama (GiTS: SAC, Higashi no Eden) será el director jefe del proyecto. Koudai Kakimoto (película de Psycho Pass) será el director de la película. Kamiya y Kakimoto ya colaboraron anteriormente en la película 009 Re: Cyborg, donde Kamiyama fue director y Kakimoto fue director de unidad. Signal.MD, el nuevo estudio subsidiario de I.G Port, animara las películas, siendo la producción de Ishinomori Production y de Production I.G. Masatsugu Saito será el diseñador de personajes.
 

Amazon Japón ha anunciado que emitirá en exclusiva una nueva serie spinoff de Crayon Shin-chan que llevará por título Crayon Shin-chan Gaiden Alien vs. Shinnosuke. La primera temporada de la serie constará de 13 episodios y podrán verse vía su servicio Amazon Prime Video a partir del 3 de agosto en Japón, llegando posteriormente al servicio en Estados Unidos, Reino Unido, Alemania y otros países.
 
Al contrario que la serie base, que se desarrolla principalmente en la era moderna, la nueva serie se desarrollará 100 años en el futuro, cuando Shinnosuke y su familia se despiertan a bordo de una nave espacial que vaga por el espacio tras haber pasado 100 años hibernando. El anime mostrará lo que ocurre dentro de la nave.
 
Michio Mihara, quien fue principal responsable de la última película del personaje (Crayon Shin-chan Bakusui! Yumemi World Dai Totsugeki) será el director bajo Shinei Animation. Kimiko Ueno, quien escribió el guión de la película el pasado año (Eiga Crayon Shin-chan: Ora no Hikkoshi Monogatari ~Saboten Daishugeki) escribirá los guiones para el anime. Yuichiro Sueyoshi es el diseñador de personajes y director jefe de animación.