Rudo y su padre adoptivo, Legto, viven en los barrios bajos de una ciudad rica e intentan convivir con el resto de los habitantes, pero Rudo desprecia el derroche de la clase alta. Haciendo caso omiso de las advertencias de los que le rodean, Rudo rebusca regularmente entre la basura de la ciudad en busca de algo útil o valioso que salvar del «Abismo», un enorme agujero donde se arroja todo lo que se considera basura, incluidas las personas. El padre biológico de Rudo era una de esas personas, que fue arrojada al Abismo tras ser acusado de asesinato. Un día, tras cruzarse con una misteriosa figura de camino a casa, Rudo regresa y encuentra el cuerpo moribundo de Legto en el suelo.

Las autoridades le encuentran inmediatamente en el lugar y le acusan de asesinato. Nadie cree su inocencia y es arrojado al Abismo. Sin embargo, en lugar de morir, se encuentra en un lugar extraño y maloliente rodeado de monstruos hechos de basura. Cuando Rudo es atacado por dichos monstruos, es salvado por un hombre llamado Enjin, que se revela como un «conserje», alguien que utiliza armas especiales llamadas «jinkis» para combatir a estas criaturas. Para vengarse de quien mató a Legto, Rudo se convierte a regañadientes en conserje para luchar por salir del Abismo.

A Kana, que vive en la pequeña isla de Tonakijima, de 600 habitantes, le encanta leer a los niños de la isla. Mizuki, la presidenta del club de radiodifusión de la escuela, reconoce la capacidad de Kana para relacionarse con la gente a través de su lectura, y la invita a unirse al club. “Dime lo que realmente quieres y yo lo haré realidad”.

“Quiero unirme al club de radiodifusión”. Kana decide unirse al club, y a medida que experimenta muchas “primeras veces” con los miembros del club de radiodifusión, empieza a profundizar en su amor por la lectura…

Shiromitsukawa, una ciudad que, aparte de ser académica, no tiene ninguna característica especial. Ha habido algunos intentos de revitalización para atraer a los turistas, pero no ha tenido éxito. Sin embargo, por una razón inesperada la ciudad comenzó a captar la atención de la gente. Niimi Kakeru es un chico que, a pesar de su actitud precipitada, tiene un fuerte sentido de la responsabilidad.

Parece ser un estudiante ordinario con una personalidad amable, pero después de que un tesoro sagrado de cierto templo fuera dañado, un poder inusual se despertó en algunos jóvenes incluyéndolo a él. Se suponía que era un estudiante corriente que vivía en un pueblo corriente, pero… Ahora los jóvenes se ven envueltos en este misterioso destino.

En el año 2029, la ciudad de Niihama se ha convertido en una metrópolis tecnológicamente avanzada. Gracias a los grandes avances en cibernética, sus ciudadanos pueden sustituir sus miembros por piezas robóticas. El mundo está ahora más interconectado que nunca, y la Sección 9 de Seguridad Pública de la ciudad es responsable de combatir la corrupción, el terrorismo y otras amenazas peligrosas tras este cambio hacia la globalización. La tenaz Mayor Motoko Kusanagi, de la Sección 9, encabeza un caso en el que está implicado un misterioso hacker conocido sólo como el «Puppet Master», que deja un rastro de víctimas despojadas de sus recuerdos.

Como muchos en este mundo futurista, el cuerpo del Puppet Master es casi totalmente robótico, lo que le confiere un poder increíble. A medida que Motoko y sus subordinados siguen la pista del enigmático criminal, otras partes -incluida la Sección 6- comienzan a involucrarse, obligándola a enfrentarse a la naturaleza extremadamente complicada del caso. Reflexionando sobre varias cuestiones filosóficas, como el sentido de su propia vida, Motoko pronto se da cuenta de que quien le proporcionará esas respuestas no es otro que el propio Puppet Master.