Fairy gone se desarrolla en un mundo donde las hadas poseen y residen dentro de animales, otorgándoles poderes especiales. Al extraer y trasplantar quirúrgicamente los órganos de un animal poseído a un humano, los humanos pueden convocar parcialmente al hada y usarla así como un arma. En un pasado, tales individuos fueron utilizados para la guerra, y fueron llamados “Fairy Soldiers” (Soldados de Hadas). Tras una larga guerra, estos soldados perdieron su propósito y tuvieron que reintegrarse a la sociedad. Desde el gobierno hasta la mafia, e incluso convirtiéndose en terroristas, cada uno sigue su propio camino.
 
La historia comienza nueve años después del final de la guerra, y se centra en la protagonista María. Se trata de una nueva recluta de “Dorothea”, una organización dedicada a la investigación y supresión de los delitos e incidentes relacionados con las hadas. Incluso en tiempos de paz, el gobierno sigue siendo inestable después de la guerra. Muchos criminales todavía tienen heridas persistentes del conflicto anterior, y hay grupos terroristas dispuestos a vengarse. Esta es la historia de los “Soldados de Hadas” que buscan su propia justicia en un mundo caótico de posguerra.

El luchador profesional de wrestler Shibata Genzo, de repente fue convocado a un mundo diferente. La princesa de este mundo le pidió a Genzo que se deshiciera de las bestias malvadas que vagaban por su reino. Indignado de que le pidieran que matara a monstruos, le hizo un suplex alemán a la princesa. Incapaz de volver, decidió vivir una vida pacífica en este mundo. Esta es una historia sobre un hombre japonés excéntrico que fue luchador profesional y que administra ahora una tienda “Mascotas Monstruosas”.

Sakura Hibiki es una chica de secundaria del montón, pero con un apetito voraz. Al darse cuenta de que su ropa cada vez le apretaba más, decidió apuntarse en un Silverman-Gym cercano. Allí se encuentra con una chica de su grado llamada Souryuuin Akemi, quien también es Presidenta del Consejo Estudiantil en su escuela. Akemi, que tiene como fetiche el culturismo, intenta que Hibiki se inscriba en el gimnasio. Afortunadamente, aparece una hermosa Entrenadora llamada Machio que, sin saberlo, la convence para inscribirse y comenzar su búsqueda hacia un buen cuerpo.