Como dice Zeke, lo primordial es la línea temporal UC, en mi caso comencé con el Mobile Suit Gundam original y luego ví en orden cronológico el resto. Con los demás universos simplemente las ví por orden de aparición. Me tomó casi un año pero no sé cómo hice para soportar ver tantas series seguidas de 50 capítulos cuando por lo general no paso de 26.
Si mirás

En cuanto a las mejores/peores está en cada uno más allá de que hay un par muy aclamadas y un par muy odiadas. Coincido con Zeke en cuanto a que a mí también me gustó bastante Gundam SEED pese a ser una de las más odiadas. Y las que menos me gustaron fueron Gundam Wing (me caían mal todos los pj) y Mobile Fighter G Gundam (es literalmente un Shonen de peleas pero con robots y hasta tiene un torneo). Y si es posible alejate de Gundam g no Reconguista, no tiene sentido.