Madoka desea que no existan más brujas, por lo que las mahou shoujo desaparecen justo antes de morir. Madoka después se transforma en bruja, y eso es la escena que todo el mundo se está por destruir. Pero su mismo deseo hace que ella desaparezca. Lo que queda de Madoka es justamente esa "fuerza de la naturaleza" que borra a las mahou, en todos los tiempos. Pero Madoka esta muerta básicamente.

No dicen que son los chobis del final peleando contra la morocha. Podrían ser extraterrestres o lo que sean. Pero ya no tiene connotación de tristeza u odio o nada por el estilo. De hecho, la raza de los kyubei ya no están más torturando a las mahou, porque como estas nunca se puede transformar en brujas, no tienen necesidad de molestarlas más. Básicamente siguen existiendo ahora peleando junto a los kyubei contra los "nuevos" malos.

No tiene explicación. No es que no tenga sentido, las razones pueden ser las que se te canten. Sencillamente está descolgado de todo el resto. No es para darle bola.