Es lo primero que pensé, que la madre algo tiene que ver, pero como tiraron unas pistas y después nunca más lo mencionaron, supuse que era para despistar.

Hay que ver cuánto se perdió en la conversión al anime, y si el autor ya tenía planeada una segunda parte cuando estaba escribiendo la primera: es posible que las muñecas tengan que ver y el autor deliberadamente dejó el tema en el olvido en el primer libro para que reaparezca en el segundo (o el que sea), como vos decís.
O también puede ser que planee nunca decirlo y que quede como misterio.