En un mundo en el que todo el mundo recibe una Clase y unas Habilidades a los diez años, y en el que tales revelaciones tienen un enorme impacto en la vida de cada uno, Arel, el hijo de la Princesa Espada Farah y el Archimago Leon, se entera de que no tiene... ¡ninguna clase! Sin clase ni habilidades, lo único que le queda a Arel es trabajar duro. Así que se pone a entrenar, utilizando su ingenio y astucia para convertirse en un nuevo tipo de héroe.

Jirou Azuma, de diecisiete años, vive una vida tranquila con su abuelo, utilizando su habilidad sobrenatural de hablar con los animales para entablar amistad con ellos y protegerlos. Tanto Jirou como su abuelo descienden de un antiguo clan shinobi y se entrenan en combate para mantener vivo el arte de la batalla dentro de su familia. La vida de Jirou se ve alterada tras rescatar a un gato negro aparentemente normal, Ragou, y descubrir que en realidad es un mononoke, un espíritu demoníaco que lleva mucho tiempo en guerra contra la humanidad. Cuando un mononoke hostil viene en busca de Ragou, Jirou utiliza su entrenamiento shinobi para saltar en defensa del gato, pero inmediatamente sufre una herida mortal.

Enfrentado a la decisión de devorar o no la energía de Jirou y recuperar todo su poder, Ragou opta por darle a Jirou la energía que le queda. Al revivir al chico, la transferencia también le otorga grandes poderes sobrenaturales que complementan su propio estilo de lucha shinobi. Este acto es presenciado por Ryousuke Shiba, un oficial de la Oficina de Espionaje cuyo trabajo gira en torno a despachar mononoke agresivos. Shiba les hace una oferta a Jirou y a su abuelo: unirse al nuevo escuadrón de la Oficina, Antorcha Negra, y ayudarles a combatir a los poderosos mononoke que pretenden devorar a gente inocente.

La muerte de la compañera de habitación de Sheena Totsuki se anuncia casualmente al comienzo de la clase, y el día sigue como siempre. En un orfanato que cría a niños como soldados, la muerte no es nada nuevo para los residentes. Con su país natal inmerso en una guerra que se ha prolongado durante demasiados años y no muestra signos de detenerse, los niños de la institución son enviados a morir en batalla todos los días. A diferencia de los demás huérfanos, Sheena está profundamente perturbada por el conflicto y desea que termine. La noche de la muerte de su compañera de cuarto, Sheena conoce a una niña cubierta de sangre que permanece jubilosa a pesar del estado en que se encuentra.

Al día siguiente, la chica aparece como una nueva alumna en la clase de Sheena y se presenta como Mimi Kagari. Inicialmente se pensó que Mimi era un mito de la escuela, pero se dice que es el arma secreta del orfanato: una niña que no puede morir. Asignada como nueva compañera de habitación de Sheena, Mimi espera llevarse bien con ella y acostumbrarse a la vida escolar. Sin embargo, inquieta por la actitud despreocupada de Mimi hacia la guerra, Sheena lucha por aceptar el mundo en el que viven, todo ello mientras su inusual amistad florece en medio de la sombría situación.

En su decimoséptimo cumpleaños, la aprendiz de bruja Meg se entera de que sólo le queda un año de vida. Su maestro, el longevo brujo Fausto, le explica que la única forma de deshacer la maldición de la muerte es recoger lágrimas de alegría y cultivar la semilla de la vida. Para encontrarlas, Meg tendrá que abandonar la vida protegida que siempre ha conocido y adentrarse en el mundo. Habrá encuentros, desencuentros, amistades y, por supuesto, muchas lágrimas. Meg aprenderá que las lecciones más importantes para una bruja son brillantes, dulces y algo desgarradoras.

A pesar de lo que sugiere el significado de su nombre, Hana Tabata no se parece en nada a una flor. Sus ojos son demasiado pequeños y sus miembros están lejos de ser esbeltos. De hecho, es «fea» y, como tal, sabe que las cosas bonitas y un romance de cuento de hadas están fuera de su alcance. Sin embargo, esto no le impide soñar despierta cada mañana mientras cuida los hermosos parterres de flores de la escuela que contrastan con su aspecto.

Un día, un encuentro casual pone a Tabata en contacto con su compañero de clase, Yousuke Ueno, conocido por ser guapo y extremadamente amable. ¿Por qué un estudiante tan popular se relaciona con un personaje de segundo plano como ella? Para Tabata, es una situación insondable, pero ¿podrá Ueno demostrarle que las apariencias no lo son todo?