La mayoría de las empresas productoras y desarrolladoras de anime, a menudo suelen fingir  no saber nada de las obras hechas por fanáticos como el doujinshi. Esto se debe principalmente a que consideran al doujinshi como un medio de publicidad gratuito, y muchas veces también ven a esto como formas de cultivar futuros talentos. Sin embargo no es raro que ciertas compañías no permitan que se realicen doujins con personajes e historias que les pertenezcan. Un ejemplo son los animes de Love Live! y Girls und Panzer.
Uno mas que se suma es la empresa Tsuburaya Productions, conocidos por la franquicia de Ultraman, pero tambien dueños de la licencia de Gridman, que actualmente tiene un anime, coproducción entre Studio Trigger y Tsuburaya.

Si bien a Studio Trigger no le importan los doujins, a Tsuburaya sí.

Actualmente se pueden encontrar su postura en las preguntas frecuentes de su sitio web. Allí, un usuario preguntó si se podrían hacer ilustraciones, videos, libros, réplicas y otras formas de medios fuera de la propiedad de la compañía. Por supuesto, estos incluyen los doujinshi, así como para usarlos en eventos como Comiket. La respuesta de Tsuburaya a la pregunta fue un rotundo no. Ellos no permitirán que cosas como el doujinshi de sus propias obras sean realizadas por los fanáticos.