No es que haya personas en los evas, sino que en ellos habitan las Almas de una persona en particular, o mejor dicho, un alma en particular en cada Eva. Por ejemplo, en el Eva 01 esta el alma de la madre de Shinji (o su escencia vital como lo habian explicado en el manga, aunque en el anime lo tradujeron como Alma), en el Eva 00 teoricamente (digo esto porque jamas aclararon nada, pero tiraron un par de palos para ese lado) se supone que esta el alma de la madre de Ritsuko. Ahora en el Eva 02 mepa que esta vacia como la cabeza de Shinji, pero la verdad es que no me acuerdo.

En el 02 esta la mama de Asuka. Acordate que se vuelve loca despues de un experimento con el Eva. Le paso lo mismo que a Yui, pero sin perder su cuerpo.

Y tambien esta el hecho de que Asuka en EoE literalmente se da cuenta que su mama esta en el Eva =P
"You've always been with me~" *mata MPs* etcetc.