Por un lado Madoka pide el deseo de destruir a todas las witches justo antes de que nazcan, todas las que hayan existido o vayan a existir. Normalmente un deseo tan grande produciria un desastre de igual magnitud y eso es el madoka asteroide ese que muestran, pero en este caso la misma madoka se destruye a si misma en ese espacio tiempo, por lo que no tiene consecuencias perjudiciales su decision.
De cualquier forma las mahou shoujo siguen apareciendo, ahora para pelear contra estos nuevos bichos,pero como ahora los incubators no pueden sacarles energia, porque no se transforman en witches, ya no les hacen un mambo en la cabeza y su relacion con las mahou shoujo cambia completamente.