La historia de Happy Sugar Life gira en torno a una guapa estudiante de instituto llamada Satou Matsuzaka, que cree haber descubierto el verdadero significado del amor tras empezar a vivir con una muchacha que se encuentra en la calle. Hasta entonces, Satou nunca había rechazado a los chicos que se interesaban por ella y tenía fama de ser una “chica fácil” por ello, pero todo cambia cuando conoce a Shio, cuya edad e historia personal no están nada claras.

Cuando están juntas, Satou experimenta un sentimiento muy dulce que entiende que es amor. Con tal de proteger este sentimiento, la protagonista está dispuesta a hacer cualquier cosa… incluso aunque eso signifique tener que asesinar a alguien.

Un día, en las afueras de Tokio, se escuchó un ruido de alta frecuencia antes de que todo se envolviera en una niebla roja. Para aquellos que escucharon el sonido, animales o humanos, perdieron la conciencia. El gobierno ahora está paralizado y Osaka tomó las riendas. Este fenómeno ha sido catalogado como un virus sin identificación, y se teme que se convierta en una epidemia. Tokio está completamente sellado.

6 días después de la ‘Gran Resonancia’, todas las personas que habían perdido la conciencia de repente se despertaron y continuaron con su vida como si nada hubiera pasado. Por lo que la ciudad sellada de Tokio continúa funcionando con normalidad y los servicios se han restablecido. Pero nada es tan sencillo, desde ese día no dejan de ocurrir sucesos anormales. La humanidad ha comenzado a erosionarse de una forma extraordinaria.

En el medio de todo esto, los jóvenes han comenzado a desarrollar poderes que estaban escondidos en su sangre conocidos como ‘las armas de la sangre de héroes’. Dejándose llevar por sus poderes, estos jóvenes llevan una vida de encuentros, asesinatos, entendimiento mutuo y lucha entre ellos mismos.