Fairy gone se desarrolla en un mundo donde las hadas poseen y residen dentro de animales, otorgándoles poderes especiales. Al extraer y trasplantar quirúrgicamente los órganos de un animal poseído a un humano, los humanos pueden convocar parcialmente al hada y usarla así como un arma. En un pasado, tales individuos fueron utilizados para la guerra, y fueron llamados “Fairy Soldiers” (Soldados de Hadas). Tras una larga guerra, estos soldados perdieron su propósito y tuvieron que reintegrarse a la sociedad. Desde el gobierno hasta la mafia, e incluso convirtiéndose en terroristas, cada uno sigue su propio camino.
 
La historia comienza nueve años después del final de la guerra, y se centra en la protagonista María. Se trata de una nueva recluta de “Dorothea”, una organización dedicada a la investigación y supresión de los delitos e incidentes relacionados con las hadas. Incluso en tiempos de paz, el gobierno sigue siendo inestable después de la guerra. Muchos criminales todavía tienen heridas persistentes del conflicto anterior, y hay grupos terroristas dispuestos a vengarse. Esta es la historia de los “Soldados de Hadas” que buscan su propia justicia en un mundo caótico de posguerra.