Pueden ser tantas cosas, que seria imposible adivinar sin tener la pc al lado ... Creo que aca ya se dijo todo lo que podrias revisar, sera cuestion de revisarlo con mas detenimiento.

- Temperatura que hace que el micro baje sus GHZ (No necesariamente tendrias que ver que sube la temp, sino que bajan los ghz. Alguna configuracion de CoolandQuiet o Intel en bios tambien puede ser)
- Drivers
- Sistema Operativo (ya lo cambiaste, pero instalaste siempre los ultimos drivers de mother/chipset/vga? , y si ya pusiste otro diferente, porque sigue haciendo lo mismo? Algo del hard no esta bien?)
- BIOS (complicado, pero alguna que otra opcion puede molestar
- Disco rigido (Alguna indicacion de que el lag se corresponda con carga del disco?)
- Memoria (Cuando jugas llega al limite y windows swapea? Tiraste algun Memtest?)
- Aplicaciones en 2do plano: Alguna cosa que "moleste" ?