Esa partición es la que configura la instalación de Windows 7 para bootear y tener el modo de restauración (de ahí que te separa 100 megas cuando lo instalás). Si borrás eso despedite de la instalación.

Probá haciendo como yo te dije con el Acronis, se te debe de haber jodido el 7loader. Si no funca poné de Activa a tu ex-disco C: (que ahora es D y mandate a reparar el Windows 7 con el DVD (te va a quedar choto después así que como mínimo mandale una limpieza con el ccleaner y defragmentalo con defraggler, si tenés mas ganas de dejarlo funcional mandale un tuneup utilities o un yamicsoft).