Hay una cosa que no tiene que hacer, que es re-encodear las cosas. Los programas esos de transformar sirven para pasar de x264 a divx, y de flac a mp3 o algun otro formato viejo. Pero los lcd nuevos leen x264 y flac, asi que al pedo tocar eso, además que toma como 10 minutos en el mejor de los casos y suele quedar medio mocho si no la tenés muy clara.
Necesita únicamente desarmar los packs (que son el mp4 y mkv), y unicamente agregar al pack el subtitulo, sin tocarle una coma al video y sonido.