Necesitas bajar programas llamados spliters y joiners, hay varios dando vueltas. (yo ya me olvidé del nombre del que usaba). Esos programas te desarman el mkv/mp4/avi en pista de sonido/de video/subtitulos(que en tu caso no los tendría), y con el joiner los unis en un mkv/mp4.

Más alla de eso, la mayoría de las veces, con ponerle el mismo nombre al sub que el video (salvo la diferente extensión), los suelen agarrar a los lcd. Pero esto es re básico así que supongo que ya lo probaste.