En rigor, cortar+pegar no es más que copiar+pegar y luego borrar el original. No existe la operación "cortar" como instrucción de ningún micro.
La caída de la vel. de tranferencia podría deberse a que en el caso rapido pasas de una partición a otra físicamente diferente y en el caso lento estás pasando de una partición a otra dentro del mismo disco.
Otra cuestión es el tamaño de los bloques o como se llamen que se define cuando se formatea el disco rígido, pero no se una mierda de eso.