Phantasy Star™ Ø tiene lugar en una Tierra alternativa, 200 años después del "Gran vacío", una inmensa guerra que redujo a la nada la que fuera una próspera civilización. Los únicos Humans que sobrevivieron se han esforzado para coexistir pacíficamente y han construido ciudades avanzadas. Los Humans que se arriesgan a salir a los alrededores de estas ciudades, llamados Hunters, exploran la extensa tierra salvaje y cazan peligrosos monstruos para mantener a salvo las ciudades.

Los jugadores se pondrán en la piel de los Hunters y podrán seleccionar 3 tipos de razas y diferentes clases, así como el sexo de un total de 14 personajes personalizables. Cada tipo de personaje tiene un estilo de juego distinto y dispone de una gran variedad de objetos, armaduras y armas. Con más de 350 armas únicas, los jugadores se aventurarán hacia la "Tierra", se enfrentarán a peligrosos monstruos para ganar experiencia y conocerán a nuevos personajes principales. A medida que avancen, irán desvelando el misterio del "Gran vacío" y descubrirán una nueva fuerza peligrosa que deben detener.

Phantasy Star Ø cuenta con opciones multijugador inalámbricas y Wi-Fi, y aprovecha la función de la pantalla táctil de la consola Nintendo DS™ con la nueva opción de chat visual. Los jugadores podrán diseñar sus propios controles de chat visual para jugar en los modos multijugador. Estos controles de chat visual aparecerán como "bocadillos de texto" encima del personaje, lo que permitirá comunicarse de manera fácil y divertida al jugar con los amigos.